Sagen wir du hast der einfachheit halber 3 Bungees und 3 Minecraft Server.
Bungee 1: 123.456.789.1
Bungee 2: 123.456.789.2
Bungee 3: 123.456.789.3
Ja ich weiß, dass die IPs nicht gültig sind ...
Jeder dieser Bungees ist nun mit jedem deiner drei Minecraft-Server verbunden:

Joint ein Spieler auf Bungee 1, so kann er über diesen Bungee auf alle drei MC Server. Der MC Server muss nichts vom Bungee wissen. Wenn du über Bungee 1 von MC 1 auf MC 2 switcht, dann disconnected der Bungee dich von MC 1 und verbindet dich mit MC 2. Damit der Minecraft Client das mit macht, schickt der Bungee dir ein Packet was dem MC Client ein Weltenwechsel "vorgaukelt". Letztlich merkt der MC Client jedoch nichts vom Verbindungswechsel. Für deinen Client ist es ein und der selbe Server.
Da das komplette Spielerhandling (abgesehen vom Initialen Verbindungsaufbau [Handshake, Session-Check, usw.]) auf den MC servern stattfindet, kannst du auch Spieler sehen, die von Bungee 2 oder Bungee 3 auf deinem MC Server gejoint sind.
Warum braucht man nun mehrere Bungees? Das ist relativ einfach. Weil die Software selber irgendwann an ihre Grenzen stößt. Deswegen ist es übrigens kein "schwachsinn" mehrere Bungees auf einen Host zu packen. Du kannst dir nen dicken Server mieten und da alle deine Bungees draufhauen. Bis du dann an die Grenze deiner Hardware stößt.
DynDNS ist ein DNS anbieter, der in den meisten Szenen dafür bekannt ist, dass man eine öffentliche Adresse hat unter der der eigene Internet-Anschluss erreichbar ist. Letztlich passiert da nichts anderes, dass entweder dein Router oder das Programm auf deinem Rechner deine IP Überprüfen und wenn sie sich geändert hat, dann den Servern von Dyn deine neue IP mitteilen.
Was aber im generellen mit den aussagen über Cloudflare und DynDNS gemeint ist, ist wohl das Round-Robin verfahren. Du kannst z.B. versuchen mehrfach mc.rewinside.tv anzupingen. Du wirst mit hoher wahrscheinlichkeit immer unterschiedliche IPs bekommen. Das Round-Robin verfahren verläuft nach folgendem Prinzip: Du hast eine liste von IP-Adressen die unter dem selben Namen laufen. Kommt eine Request rein wird IP 1 zurückgegeben, bei der nächsten Request dann IP 2, dann IP 3, usw. bis man am Ende angekommen ist. Dann beginnt man wieder bei IP 1.
Grüße
Floppy